Fonction publique territoriale : les maladies professionnelles, un risque mal mesuré
Dans son rapport publié en juillet 2025, la Cour des comptes dénonce les failles du système de reconnaissance et de prévention des maladies professionnelles dans la fonction publique. Les agents territoriaux, particulièrement exposés aux troubles musculo-squelettiques et aux risques psychiques, restent les grands oubliés d’un dispositif jugé opaque et mal piloté.
Dans un rapport récent, la Cour des comptes dénonce la faiblesse du suivi des maladies professionnelles dans la fonction publique territoriale. Les données, censées être transmises à la Caisse nationale de retraite des agents des collectivités locales (CNRACL), ne couvrent qu’environ 49 % des agents. Ce manque d’exhaustivité empêche la mise en place d’une véritable politique de prévention.
En 2023, la Cour estime à 87 000 le nombre total de maladies professionnelles reconnues en France, dont plus de 6 000 dans la territoriale. Près de 90 % concernent des troubles musculo-squelettiques (TMS), reflétant la pénibilité des métiers d’entretien, de restauration ou d’aide à domicile.
La Cour souligne enfin l’absence de pilotage national : l’article L. 813-3 du Code général de la fonction publique, qui impose la transmission des données sur les accidents et maladies professionnelles, reste inappliqué. Sans décret d’application ni outil informatique dédié, la DGAFP reconnaît ne pas disposer d’indicateurs fiables depuis 2022. La Cour appelle à une collecte homogène et systématique des données pour mieux protéger les agents et maîtriser les coûts supportés par les collectivités.