Jour de carence : un outil de gestion… aux effets contrastés

Réintroduit en 2018, le jour de carence qui supprime la rémunération du premier jour d’arrêt maladie des agents publics. Selon une étude publiée en janvier 2026 par le Centre d’études de l’emploi et du travail, cette mesure a entraîné une baisse significative des absences pour maladie ordinaire dans la fonction publique territoriale. 
•    –11 % de probabilité pour un agent d’avoir au moins un arrêt maladie,
•    –13 % du nombre total de jours d’arrêt cumulés.

L’effet est rapide, durable et concentré sur les arrêts courts, ceux de deux à trois jours, directement impactés par la perte d’une journée de salaire.

Un gain budgétaire immédiat pour les collectivités

Pour les employeurs territoriaux, l’impact financier est loin d’être négligeable. L’étude estime les économies annuelles à 86 millions d’euros, soit environ 4,5 % du coût total des congés maladie ordinaires.
À l’échelle individuelle, cela représente en moyenne 1,25 jour d’arrêt en moins par agent et par an, pour une économie estimée à 75 euros par agent. Dans un contexte de finances locales sous tension, cet effet comptable direct a largement pesé dans les arbitrages.

Une efficacité socialement inégalitaire

Mais l’étude met aussi en lumière un effet moins visible : le caractère inégalitaire de la mesure. Le jour de carence agit principalement sur les agents les plus sensibles financièrement à la perte de rémunération.
Les baisses d’arrêts sont ainsi plus marquées chez les agents de moins de 50 ans, les agents de catégorie C et les agents faiblement rémunérés. À l’inverse, l’impact est faible, voire nul, chez les agents de catégories A et B. Autrement dit, la mesure fonctionne… mais surtout sur ceux qui disposent du moins de marges.

Un débat RH relancé dans les collectivités

Autre enseignement clé : l’étude ne met pas en évidence de report massif vers des arrêts plus longs. En revanche, elle alerte sur des effets indirects difficiles à mesurer : renoncement à des arrêts nécessaires, dégradation de la santé à moyen terme, baisse de motivation ou tensions dans les équipes.

Des signaux qui interpellent directement les collectivités, grandes employeuses d’agents de catégorie C, et qui invitent à dépasser la seule logique de dissuasion financière. Pour les exécutifs locaux, le sujet devient un enjeu de pilotage RH, à la croisée de la prévention, de l’attractivité des métiers et de la qualité du service public.